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【】在水系统中微生物控制通过消毒可基本实现。可以用热力的或化学手段消毒系统。系统消毒的热力方法包括周期的或连续的循环热水和使用水蒸汽。对于此目的来说，至少80℃的温度被普遍使用，但当注意到这样的自我消毒温度的一致性和分布时，至少65℃的连续再循环的热水也已被有效地应用于隔热的不锈钢分配系统中。这些技术限于适于高温消毒的系统，尽管热力方法可以通过连续地抑制生物膜的生长，或周期性地杀死生物膜中的微生物来控制生物膜的形成，但它们对去除已形成的生物膜无效。被杀死的但却保持完整的生物膜，在消毒条件被移除或中止后，可以成为生物膜再次快速生长的营养源。在这样的情况下，常规的热力与周期性的化学消毒相结合可能是更有效的。热力消毒的频率越高，生物膜形成和再次生长的可能性越容易被消除。化学方法，相适用的地方，可被广泛应用于不同的构造材料。这些方法主要使用氧化剂，例如卤化物、过氧化氢、臭氧或过氧乙酸或这些方法相结合。卤化物是有效的消毒剂但很难从系统中冲洗掉且易于留下完整的生物膜。象过氧化氢、臭氧和过氧乙酸这样的化合物，通过形成起反作用的过氧化物和自由基（特别是羟基）来氧化细菌和生物膜。尤其是臭氧的半衰期很短，以及它在所能够达到的浓度方面的限制，要求在消毒期间被连续地加入。过氧化氢和臭氧迅速降解为水和氧气，过氧乙酸在紫外灯下降解为乙酸。实际上，臭氧在使用点的254-nm紫外灯下很容易降解，使得它被最有效地连续使用以提供连续的消毒条件。

在线波长为254nm紫外灯也用以对系统中的循环水进行连续消毒。但这些装置必须根据水的流速而被正确的按大小排列？。这样的装置能够钝化流经此装置的微生物，但不能被用于直接控制装置上游或下游的已存在的生物膜。然而，当与常规的热力的或化学消毒技术联在一起，或紧邻其上游安装一截留微生物的过滤器时，它是最有效的并且能延长系统消毒的间隔。

注意到即使是使用作用很强的氧化性的杀生物剂，在一个生长良好的生物膜内的微生物可能很难被杀死，这点是很重要的。生长膜形成的越少，越薄，杀生物剂的作用越有效。因此，最佳的杀生物剂控制是通过周期性的使用杀生物剂来实现，而此周期不允许在两次消毒之间形成明显的生物膜。

消毒步骤要求验证以论证消毒步骤减少以及维持微生物污染物在可接受的水平的能力。热力方法的验证应包括热分布研究以论证整个系统内的消毒温度，包括使用点阀门的主体。化学方法的验证要求论证整个系统内足够的化学物质浓度，充分暴露于所有的湿的表面，包括使用点阀门的主体，以及在消毒过程结束后，必须论证化学物质残留可有效去除。检测的文法验证和消毒剂及其降解产物的残留量是验证程序的重要组成部分。消毒频率应由系统的微生物监测的结果来支持。从微生物数据的趋势分析中得出的结论应被用作维护的预警（限度）机制。应制订消毒频率使系统在微生物的控制状态下运行且不能超过预警（限度）水平（见预警与纠偏限）。, ， ，。