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【】批量的制药用水的主要微生物污染的外来资源是源水。源水质量必须，至少大肠杆菌水平符合饮用水规定的质量水平。在源水中可能会存在其它类型微生物（主要是革兰氏阴性菌）。这些微生物可能危害后面的净化步骤。其它可成为微生物污染的来源的例子包括：未保护的通气口、有缺陷的空气过滤器、破裂的安全隔膜（ruptured rupture disk），从被污染的出口倒流、未消毒的分配系统的通道（包括组件的日常更换，检查和修理），不合适的排水与空气阻断，以及活性碳、脱离子树脂以及再生剂化学物质的更换。在这些情况下，外源性的污染物可能不是正常的水生细菌，而是土壤的或人的排泄物的微生物。非水生微生物的检测可以是一个系统失败的指示，此指示应引发纠正其来源的调查。必须对系统设计和维护保养给予充分的注意以使来自这些资源的微生物污染降低最低。

单元操作可能是微生物污染的主要内在的来源。源水中存在的微生物可能被吸附在碳床、脱离子树脂、过滤膜以及其它单元操作表面并形成生物膜。在一个高纯水系统中，生物膜是某些微生物在低营养环境下存活的一个适应性反应。当微生物脱落并被携带到水系统的其它地方时，下游的菌群就会出现。微生物也可以附着在悬浮的粒子上或破裂的树脂颗粒上。当微生物变成浮游生物时，它们便成为持续的纯化设备污染的来源（损害设备的功能）并分配到整个系统中。

另一个内在的污染源是分配系统。微生物能寄居在管子表面、粗糙的焊接处，连接不良的法兰，阀门以及未经确定的死区。在那里它们繁殖、形成生物膜。表面的光滑与组成可能会影响最初的微生物吸附的速率，但一旦被吸附，除非被消毒条件所抑制，便会在表面出现生物膜的形成。一旦形成（生物膜），生物膜便成为微生物污染的一个连续的来源。, ， ，。